Pelaksanaan Pesantren Ekologi di SMK IT Pelita Subana Darma merupakan kegiatan pembinaan terpadu yang menggabungkan nilai-nilai keagamaan dengan kepedulian terhadap lingkungan. Kegiatan ini diisi dengan rangkaian aktivitas keislaman seperti pembiasaan ibadah, tausiyah, serta mengaji Al-Qur’an secara bersama-sama guna menumbuhkan keimanan, ketakwaan, dan akhlak mulia peserta didik. Selain itu, Pesantren Ekologi juga dilaksanakan melalui kegiatan projek kejuruan yang disesuaikan dengan kompetensi masing-masing jurusan dengan mengangkat tema pelestarian lingkungan dan gaya hidup ramah lingkungan. Seluruh rangkaian kegiatan tersebut diperkuat dengan aksi nyata menjaga kebersihan dan keindahan lingkungan sekolah, seperti membiasakan membuang sampah pada tempatnya, merawat tanaman, serta menciptakan lingkungan belajar yang bersih, hijau, dan nyaman. Melalui perpaduan kegiatan spiritual, projek kejuruan, dan kepedulian terhadap kebersihan lingkungan ini, diharapkan peserta didik mampu mengamalkan nilai-nilai Islam secara utuh dalam kehidupan sehari-hari sekaligus menjadi generasi yang peduli terhadap keberlanjutan lingkungan.